Neue Froschart in New York entdeckt

[Monty01]

Hi,
nahezu unglaublich in unserer "zivilisierten" Welt:
http://www.n-tv.de/13864676

faszinierte Grüße

Monty

[The Dude]

Naja, das ist doch ein alter Hut auf den jetzt die offizielle Beschreibung folgte.

[Monty01]

Sorry,
hab's nicht so mit den Amphibien und dachte, es gibt mehr von meiner Sorte
Aber an sich doch recht erstaunlich, oder?

Monty

[Ingo]

Es gibt unglaublich viele Arten, die bisher unentdeckt blieben, schlicht weil sie ihrer Verwandtschaft stark ähneln und oft auch weil sich nicht allzuviele Wissenschaftler mit der jeweiligen Gruppe befassen.
Next generation sequencing erlaubt schnelle und billige Analyse der Verwandtschaft auf genetischer Ebene. Daher werden in den nächsten Jahren noch viele solcher Entdeckungen folgen.
Keiner kann ausschliessen, dass sich nicht herausstellt, dass der Grasfrosch in seiner Landeshauptstadt nicht in Wirklichkeit eine bisher unerkannte Art ist.
Also: Spannend ja, aber unerwartet: nein.

Viele Grüße

Ingo

[The Dude]

Next generation sequencing

In seiner Alleinstellung aber auch nicht der Weisheit letzter Schluß.

[Ingo]

Nö...wie eigentlich alles von Lexikon bis Rocket Science. Aber ein sehr nützliches Tool, wenn man es richtig einsetzt.
Tut mir leid, bin halt von Haus aus Molekularbiologe, darum komme ich im Zweifelsfall mit sowas.
Wenn ich dran denke, dass ich noch mit 35S nach Sanger ... mit selbst gegossenen Gelen...dann ist das halt einfach fantastisch.

Viele Grüße

Ingo

[Steve Hahnemann]

Hallo Ingo,

was heißt in diesem Fall billig? Was kostet so ein sequencing ? Könnte man so prinzipiell eine Datenbank aufbauen, um zum Beispiel zu bestimmen aus welcher Region ein Tier stammt. Ein Beispiel. Ich kaufe eine Zauneidechse von Züchter xy aus dem Raum Neuss . Dieser meint seine Tiere (Vorfahren seiner Zuchtlinie) stammen ursprünglich aus Heidelberg. Wäre es theoretisch möglich anhand einer genetischen Untersuchung festzustellen,ob das auch stimmt? Oder unterscheiden sich die Tiere genetisch zu wenig oder sind die Unterschiede zwischen den Populationen vorhanden, ohne dass man sie einer Region zuordnen könnte.
Ich meine damit nicht, dass jede kleine Population beprobt werden sollte, aber zumindestens Regionen. Ob die ganze Sache dann praktikabel wäre sei mal dahingestellt . Mich würde nur interessieren ob es theoretisch möglich wäre.

[Ingo]

Billig ist relativ. Vor 10 Jahren kostete es Milliarden Euro und mehrere Jahre, ein menschliches Genom zu sequenzieren.
Vor fünf Jahren hunderttausende und Monate.
Heute unter zehntausend und ein bis zwei Wochen.
Erklärtes Ziel innerhalb der nächsten fünf Jahre ist: Patientengemome komplett in einer Woche unter 1000 Dollar.

Projekte mit vorher noch nicht sequenzierten Spezies dürften aber auch in den nächsten Jahren in der Größenordnung ab 1000€ bis merklich über 10 000€ liegen, sobald man größere Teile des Kerngenoms sequenziert.

Im Vergleich zu vor einem Jahrzent ist das extrem revolutionär.

Etwas direkter zu der Frage: Solche Datenbanken sind im Prinzip machbar, brauchen aber eine hohe Anzahl von analysierten Individuen, um aussagekräftig zu sein - und in der Tat eben auch genug Variabilität innerhalb der Art. Aber teils macht man vergleichbares heute schon. Wenn man zB. wissen will, wo ein neu in Deutschland zugewanderter Wolf herkommt, besorgt man sich DNA von ihm, sequenziert gezielt an und weiss dann anhand der Referenzdaten mit großer Sicherheit, ob er aus Italien, Polen oder Russland zugewandert ist.

Viele Grüße

Ingo

P.S.: Und wenn Du magst, kannst Du das auch mit der selben Methodik für 200-1000€ über Dich selbst ermitteln lassen: http://www.igenea.com/de/herkunftsanalyse

[Steve Hahnemann]

Danke Ingo.

Schon ein sehr interessantes Fachgebiet. Also billig ist wirklich relativ, aber wie man an deinen Beispielen sieht, hat sich da schon viel getan. Will ich wirklich wissen, wo ich herkomme ...hm:ggg:. Schon krass was es alles gibt. Aber interessant wäre es schon. Na da werd ich mal sparen, vielleicht finde ich so einen verschollenen reichen Uronkel oder so, wenn ich das Premiumpaket nehmeooh:.

[The Dude]

Nö...wie eigentlich alles von Lexikon bis Rocket Science. Aber ein sehr nützliches Tool, wenn man es richtig einsetzt.

Molekularbiologie hin und her, sich nur auf eine Methode zu konzentrieren ist m.M. nach der häufigste Fehler. Zumal auch NGS ein hohes Taxonsampling nicht übertrumpft und das fehlt oft.

[Ingo]

Sehe ich grundsätzlich ja ähnlich.

Eine statistisch abgesicherte genetische Eigenständigkeit auf Populationsebene ist in meinen Augen aber dennoch ein ausreichendes Einzelkriterium um auf Fortpflanzungsisolation von anderen Populationen und Eigenständigkeit hinzuweisen.
Auf welche taxonomische Ebene man das dann letztlich hebt hängt von vielen Dingen ab und hier ist es auch nötig, weitere Daten zu erheben.
Das ist nicht zuletzt auch deshalb so, weil die taxonomischen Kriterien nicht natürlich, sondern menschgemacht sind. Menschen schaffen sich Schubladen, wo immer sie sie konstruieren können. Reicht dann aber ein einzigartiges Hauttoxin in Kombination mit allopatrischem Vorkommen zB, eine neue Krötenunterart- oder -art zu definieren? Oder ist das eine Morphe? Warum ja und warum nein? Und wenn es zwei, drei oder vier abweichende Gifte sind? Spielt es eine Rolle, ob es sich dabei um Peptide oder um kleine Moleküle handelt? ich bin ja nicht vom Fach, aber ich sehe hier und in ähnlichen Fällen immer viel Ansichtssache...
Aber wenn ich innerhalb einer Gruppe von Tieren, die ich mit keinem anderen Mittel bisher auseinanderhalten kann, mehr als eine genetische Linie finde, reicht mir das as Aussage im oben genanntern Sinn durchaus.
Insofern ist gerade bei morphologisch wenig differenzierten Artenkomplexen die genetische Analsys sehr sinnvoll und oft das erstmal einzige verfügbare diagnostische Merkmal. Weiss man erstmal um genetische Eigenständigkeiten, schärft sich allerdings oft der Blick und man findet im nachhinein auch makroskopische Unterschiede - aber wohl auch vor allem, weil man anhand der genetischen Daten die Gruppen vorsortieren kann.
Aber ich glaube, das führt hier letztlich langsam zu weit.

Viele Grüße

Ingo

[The Dude]

Sehe ich grundsätzlich ja ähnlich.

Eine statistisch abgesicherte genetische Eigenständigkeit auf Populationsebene ist in meinen Augen aber dennoch ein ausreichendes Einzelkriterium um auf Fortpflanzungsisolation von anderen Populationen und Eigenständigkeit hinzuweisen.

Das Problem ist das "statistisch". Schaut man sich die coalescent Methoden zB mal genauer an, so ist auch das "statistisch" eben oft Auslegungssache.

[Ingo]

Ich meine statistisch relevant im Sinne dessen, was ein Statistiker relevant und signifikant nennen würde.
Aber klar, eine Grauzone bleibt immer.

Viele grüße

Ingo

[The Dude]

Ich auch. Aber gerade bei coalescens kommen da zT ziemlich unterschiedliche Sachen raus.

[Steve Hahnemann]

Ein weiteres Problem sehe ich da auch im Geltungsdrang mancher Wissenschaftler, die aus jedem Pups eine Unterart oder Art machen. Dadurch wird alles so unübersichtlich. Aber wie ihr schon sagt, die Grenzen werden von Menschen definiert, und da sind die verschiedenen Sichtweisen schwer auf einen Nenner zu bringen.